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食用菌工厂化栽培是一种现代化的农业生产模式，指在工厂或类似工厂的大规模设施中，利用先进的农业技术和设备，为食用菌（如木耳、香菇、金针菇等）提供最佳的生长环境，以实现高效、稳定、可控的食用菌生产。这种模式通常涉及到自动化控制系统、智能化管理以及标准化生产流程，以提高产量和质量。
而食用菌菌种的分离与纯化则是食用菌栽培中的关键技术之一，菌种分离主要是从食用菌的子实体或菌丝体中获取种子，然后进行分离培养，以得到纯菌种，这一过程对于确保菌种的优良性状和栽培效果至关重要，菌种的纯化则是对分离的菌种进行进一步的处理，通过单一菌株的分离和培养，以获得纯净、无杂质的菌种，这有助于保持菌种的遗传特性和生产性能，提高栽培效果。
食用菌工厂化栽培提供了一个良好的生长环境，而菌种的分离与纯化则是为了保障所使用的菌种具有优良的品质和纯度，这两项技术共同为食用菌的产业化、规模化生产提供了重要的技术支持。